東京主要使用兩個機場：成田機場和國羽田機場,羽田機場。兩個機場間有電車和巴士連接往來。
1．羽田機場
羽田機場位於都心部南邊東京灣岸離東京很近，又稱東京國際機場。 以前，羽田機場是東京唯一的國際機場，所以羽田機場是負責所有東京的國際航班。 但是，成田機場承接了羽田機場大部分的國際航班。目前提供國內航線班為主，維持日本國內航線的地位。 機場公共交通 ：
a. 利木津巴士（Limousine Bus） 乘坐利木津巴士從羽田機場到東京市中心約需60分鐘車程，停靠站有赤板、池袋、品川、銀座、新宿等。 票價為1,200日元。車站位於機場國內線區1樓。 b. 東京Mono Rail線 東京Mono Rail線從羽田機場到終點濱松町約需22分鐘車程，下車後可再轉乘JR山手線抵達想去的目的地。 票價為470日元。車站位於機場國內線區的B1。 c. 京濱特快電車（Keihin Kyuko） 京濱特快電車從羽田機場到東京市中心約需14分鐘車程，票價為400日元。 本電車與JR山手線品川站相連結，轉車也十分方便。
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2.成田國際機場
成田機場位於東京都以東的千葉縣境內，距離東京市區約65公里，大多是飛往東京的國際定期航線班機起降。 此外亦有極少數國內航線班機於成田機場起降。 成田機場 與東京市區之間有JR、京成電鐵等鐵道路線連結，亦有高速巴士往返於兩地之間。
從成田去往東京市內是非常方便的，可以乘坐機場巴士、出租車、JR（有軌電車）等交通工具。 其中機場巴士和出租車都在候機樓發車，出租車票價較貴，去東京 大概需要1萬5千日元。 機場巴士車票為3,000日元/人，15分鐘一班，乘機場巴士直達東京站、東京迪斯尼、銀座、羽田、池袋、新宿等地區，但需時間較 長。 電車主要有三種線路：
- 成田Sky Access線 成田Sky Access線 連通成田-上野-日暮裡，最快速度科大160km/h，36分鐘即可到達。
- 京成本線 京成本線 同樣連通成田-上野-日暮裡，價格較Sky Access線便宜，速度也相對慢一些。
- JR線 JR線 連接東京、品川、澀谷、新宿、池袋主要的交通幹線。到達東京站53分鐘，東京、新宿、橫濱方向30分鐘一趟，可謂四通八達，價格也比較便宜。 （均為指定 席，保證有座位）
